A FAI•UFSCar está credenciada junto ao Ministério da Educação e ao Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação, o que lhe autoriza a atuar como fundação de apoio da Universidade Federal de São Carlos, Instituto Federal de São Paulo (IFSP), Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) e Hospital Universitário Prof. Dr. Horácio Carlos Panepucci (HU-UFSCar)
A FAI•UFSCar também é certificada e credenciada pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) a receber e gerenciar recursos oriundos de pessoas jurídicas de direito privado, destinado ao apoio a projetos de pesquisa. E está apta e credenciada para exercer as operações de importação de bens destinados à pesquisa científica e tecnológica e receber os benefícios da Lei nº 8.010/90, que concede isenção tributária Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico essas importações.
A Fundação tem ainda a competência necessária para buscar o credenciamento junto a outros órgãos reguladores conforme a necessidade de funcionamento das Unidades Acadêmicas da UFSCar.